| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D5434 | 启东 | 07:00 | 如皋 | 08:14 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5412 | 启东 | 06:50 | 如皋 | 08:14 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5413 | 启东 | 06:50 | 如皋 | 08:14 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5514 | 南通 | 10:02 | 如皋 | 10:28 | 南京 | 12:45 | 南京 | 12:45 |
| D5438 | 启东 | 09:42 | 如皋 | 11:12 | 南京 | 13:27 | 南京 | 13:27 |
| D9494 | 南通 | 14:03 | 如皋 | 14:30 | 南京 | 16:55 | 南京 | 16:55 |
| D5444 | 启东 | 14:26 | 如皋 | 15:42 | 南京 | 17:53 | 南京 | 17:53 |
| D5556 | 南通 | 16:14 | 如皋 | 16:40 | 南京 | 18:53 | 南京 | 18:53 |
| D5534 | 南通 | 16:47 | 如皋 | 17:13 | 南京 | 19:22 | 南京 | 19:22 |
| D5448 | 启东 | 16:39 | 如皋 | 17:56 | 南京 | 20:10 | 南京 | 20:10 |
| D5544 | 南通 | 18:20 | 如皋 | 18:46 | 南京 | 20:53 | 南京 | 20:53 |
| D9548 | 南通 | 19:25 | 如皋 | 19:51 | 南京 | 22:00 | 南京 | 22:00 |