| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D5412 | 启东 | 06:50 | 海门 | 07:16 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5413 | 启东 | 06:50 | 海门 | 07:16 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5434 | 启东 | 07:00 | 海门 | 07:24 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5438 | 启东 | 09:42 | 海门 | 10:06 | 南京 | 13:27 | 南京 | 13:27 |
| D5444 | 启东 | 14:26 | 海门 | 14:51 | 南京 | 17:53 | 南京 | 17:53 |
| D5448 | 启东 | 16:39 | 海门 | 17:05 | 南京 | 20:10 | 南京 | 20:10 |
| D5454 | 启东 | 18:10 | 海门 | 18:34 | 南京 | 21:28 | 南京 | 21:28 |