| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D5504 | 南通 | 06:10 | 扬州 | 07:58 | 南京 | 08:47 | 南京 | 08:47 |
| D5434 | 启东 | 07:00 | 扬州 | 09:30 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5412 | 启东 | 06:50 | 扬州 | 09:30 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5413 | 启东 | 06:50 | 扬州 | 09:30 | 南京 | 10:23 | 南京 | 10:23 |
| D5514 | 南通 | 10:02 | 扬州 | 11:56 | 南京 | 12:45 | 南京 | 12:45 |
| D5438 | 启东 | 09:42 | 扬州 | 12:31 | 南京 | 13:27 | 南京 | 13:27 |
| D5524 | 南通 | 11:54 | 扬州 | 13:34 | 南京 | 14:22 | 南京 | 14:22 |
| D9494 | 南通 | 14:03 | 扬州 | 16:01 | 南京 | 16:55 | 南京 | 16:55 |
| D5444 | 启东 | 14:26 | 扬州 | 17:00 | 南京 | 17:53 | 南京 | 17:53 |
| D5556 | 南通 | 16:14 | 扬州 | 18:05 | 南京 | 18:53 | 南京 | 18:53 |
| D5534 | 南通 | 16:47 | 扬州 | 18:34 | 南京 | 19:22 | 南京 | 19:22 |
| D5448 | 启东 | 16:39 | 扬州 | 19:18 | 南京 | 20:10 | 南京 | 20:10 |
| D5544 | 南通 | 18:20 | 扬州 | 20:03 | 南京 | 20:53 | 南京 | 20:53 |
| D5454 | 启东 | 18:10 | 扬州 | 20:35 | 南京 | 21:28 | 南京 | 21:28 |
| D9548 | 南通 | 19:25 | 扬州 | 21:12 | 南京 | 22:00 | 南京 | 22:00 |