| 车次 | 始发站 | 始发时间 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 | 终点站 | 终到时间 |
| D3238 | 南京南 | 06:14 | 南京南 | 06:14 | 厦门北 | 16:47 | 厦门北 | 16:47 |
| D3239 | 南京南 | 06:14 | 南京南 | 06:14 | 厦门北 | 16:47 | 厦门北 | 16:47 |
| D3125 | 南京 | 06:37 | 南京 | 06:37 | 厦门北 | 16:53 | 深圳北 | 20:34 |
| D3295 | 南京南 | 07:45 | 南京南 | 07:45 | 厦门北 | 16:39 | 龙岩 | 17:50 |
| D3298 | 南京南 | 07:45 | 南京南 | 07:45 | 厦门北 | 16:39 | 龙岩 | 17:50 |
| D2281 | 南京 | 07:46 | 南京 | 07:46 | 厦门北 | 18:05 | 深圳北 | 21:53 |
| D3135 | 南京 | 08:09 | 南京 | 08:09 | 厦门北 | 19:09 | 赣州 | 22:40 |
| D3138 | 南京 | 08:09 | 南京 | 08:09 | 厦门北 | 19:09 | 赣州 | 22:40 |
| D2293 | 南京南 | 10:38 | 南京南 | 10:38 | 厦门北 | 19:17 | 深圳北 | 23:01 |
| D3141 | 南京 | 11:12 | 南京 | 11:12 | 厦门北 | 20:59 | 龙岩 | 22:01 |